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Nature Biotechnology | 伊成器和合作者开发新型碱基编辑器Td-CBE

日期: 2022-11-14

2022年11月11日,北京大学新葡亰8814网站是多少伊成器课题组和合作者联合在Nature Biotechnology杂志上在线发表了题为“Re-engineering the adenine deaminase TadA-8e for efficient and specific CRISPR-based cytosine base editing”的研究成果。该项研究通过在TadA-8e腺嘌呤脱氨酶中引入N46L突变,成功将其转变为专一且高效的胞嘧啶脱氨酶,并以此为基础开发了新型的碱基编辑器Td-CGBE与Td-CBEs。

相比于传统的基于AID/APOBEC家族的CGBE/CBE碱基编辑器,Td-CGBE/CBEs编辑器在编辑活性与之类似的情况下,展现出更窄的编辑窗口和更低的插入、缺失副产物等编辑特性。同时,利用之前开发的全基因组、无偏好性的脱靶检测技术Detect-seq,对Td-CBEs编辑器进行了脱靶评估。评估发现,Td-CBEs在全基因组水平所造成的脱靶位点要远少于同等编辑活性的传统CBEs;虽然Td-CBEs与传统碱基编辑器BE4max基于不同的脱氨酶构建,但Td-CBEs相比于BE4max不会产生新的脱靶位点。值得注意的是,Td-CBEs也并不会产生之前课题组发现的两类新型脱靶编辑(out-of-protospacer edits与target-strand edits)。

以上结果表明,Td-CBEs是一种较传统CBEs更为安全的碱基编辑器,为未来遗传疾病的基因治疗带来了更大的可能。同时,Detect-seq作为一种平台技术,可以为开发更安全、高效的基因编辑工具提供强有力的支持与帮助。

图- 2 利用Detect-seq技术对Td-CBEs进行脱靶检测与评估

北京大学生科院伊成器教授和华东师范大学李大力教授,刘明耀教授为本文通讯作者。华东师范大学新葡亰8814网站是多少研究生陈亮,朱碧云,汝高盟,以及北京大学生科院博士后孟浩巍,博士研究生闫永昌为本论文的共同第一作者。北京大学前沿交叉学院雷芷芯博士,博士研究生乌浩在本研究中做出了重要贡献。该工作得到科技部重点研发计划和国家自然科学基金等项目资助。北京大学高性能计算平台,新葡亰8814网站是多少仪器中心及凤凰工程等多个平台对本项目提供了重要的技术支撑。

原文链接:https://www.nature.com/articles/s41587-022-01532-7